マンモグラフィ検査はX線を使用して撮影しますので，放射線被ばくの問題が生じます．

放射線防護上は，がんや白血病を発生させる線量には明確なしきい値は なく，線量に比例して確率が上昇すると仮定されていますが，原爆の調査等から最も感受性の高い組織でも200mGy以下の一時被ばくでは自然発生のガンと区別できないとされています．

マンモグラフィによる放射線被ばくは非常に微量（2mGy程度）で，致命的発がんリスクは0.0009％と言われています． マンモグラフィ検診の利益と被ばくリスクを分析した結果，どの年代でも利益が被ばくのリスクを上回っています．